La notion de bassin versant constitue l’échelle de référence de la gestion des cours d’eau de part et d’autre de la frontière. Elle n’est pas calquée sur les frontières administratives et politiques mais constitue l’unité géographique et territoriale la plus cohérente et la plus pertinente pour une gestion efficace des milieux aquatiques et de l’eau (fig. 9).
Néanmoins, bien que reconnu comme tel en Suisse, le bassin versant n’est pas géré par une structure spécifique et unique. L’autorité cantonale est responsable de la coordination et de l’exécution des mesures définies par la législation fédérale (OEaux, art. 46) en termes de renaturation des eaux. Elle peut le faire, à l’exemple de l’État de Genève, par l’intermédiaire du Schéma de protection, d’aménagement et de gestion des eaux (SPAGE), inscrit au plan directeur cantonal (fig. 8).
L’absence de structures de bassin ayant des compétences de gestion des milieux aquatiques à l’échelle du bassin versant, sur le modèle des « Agences de l’eau » ou des « syndicats de rivière » français, rend nécessaire une coordination d’autant plus efficace entre les différents acteurs d’un même territoire par des services cantonaux forts. Contrairement à la France, où les intercommunalités (syndicats, communautés de communes, etc.) prennent en charge le rôle exécutif par l’intermédiaire d’une maîtrise d’ouvrage d’études et de travaux, ce sont principalement les communes qui possèdent le plus souvent cette compétence. Celle-ci leur est en effet en grande partie déléguée par le canton, les différents services de ce dernier intervenant en appui. Là encore, la situation est variable d’un canton à l’autre.
À l’échelon supérieur, la Confédération helvétique, à travers l’Office fédéral de l’environnement (OFEV) et l’Office fédéral de l’énergie (OFEN), est chargée du financement des mesures et actions ainsi que de la législation sur la gestion de l’eau applicable par les cantons. Elle propose par ailleurs à ces derniers une aide à l’exécution pour la renaturation des cours d’eau.
Ainsi, si la mise en œuvre de la DCE en France s’effectue dans le cadre d’une approche systémique au sein des grands bassins hydrographiques (Rhône-Méditerranée ou Loire-Bretagne, par exemple) et appelle à une coopération et une coordination à travers et au-delà des frontières administratives (communales, départementales, etc.), dans le cadre de la législation suisse sur la protection de l’eau (SWGG), la coordination des actions ne s’effectue pas toujours dans le cadre requis de la coopération inter-cantonale (d’après OFEV 2007).
Au niveau français, l’État est garant de l’application et du respect des règles édictées par la LEMA par l’intermédiaire de ses services déconcentrés à l’échelle régionale (Direction régionale de l’environnement, de l’agriculture et du logement : DREAL) et départementale (Direction départementale des territoires : DDT). Les six Agences de l’eau, établissements publics administratifs de l’État sous la tutelle du ministère chargé de l’Environnement, subventionnent les intercommunalités pour la réalisation de travaux en faveur de l’amélioration de la qualité de l’eau et des milieux aquatiques. Au niveau régional, les politiques de l’eau des différents conseils régionaux varient largement. La Région Rhône-Alpes mène depuis de nombreuses années une politique de financement des opérations de gestion des milieux aquatiques dans le cadre des contrats de rivière, ce qui explique que 95 % de son territoire soit couvert par ce type de procédures.
La France a mis en place un mode de gestion s’appuyant sur deux outils fondamentaux : le Schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) et le Schéma d’aménagement et de gestion des eaux (SAGE), institués par la loi sur l’eau de 1992 (fig. 8). Le tableau ci-après propose quelques éléments de comparaison avec le SPAGE, outil développé par le canton de Genève (tab. 1).